17世纪下半叶，伊斯兰教由流放至此的马来西亚奴隶传入。18一19世纪，先后有印尼、马来西亚、印度、斯里兰卡、土耳其等国的穆斯林移居南非。马来西亚籍穆斯林居住在开普省，多属逊尼派的沙斐仪学派。印度籍穆斯林分布在纳塔尔和德兰士瓦省，多属逊尼派的哈乃斐学派，少数属苏菲派的卡迪里、契斯提、纳格什班迪耶教团。

    本土穆斯林多集中在约翰内斯堡，其中白人仅千余人，黑人近万人，多属逊尼派。主要伊斯兰教组织有：南非伊斯兰教委员会(含南非伊斯兰教理事会)、德兰士瓦伊斯兰学者协会、纳塔尔伊斯兰学者协会以及近年来极为活跃的南非穆斯林青年运动组织(1970年成立)和南非穆斯林学联(1974年成立)。南非穆斯林大多为外籍移民，长期受白人政权的种族歧视，政治上毫无地位。

    1961年印度籍穆斯林获南非国籍后，参政意识日益强烈，但始终末争取到国会席位。南非穆斯林一直反对南非白人政权的种族歧视政策，支持黑人民族主义运动，一些人因此被捕，遭流放。

    全国约有250座清真寺。德班的清真大寺建于1950年，为南部非洲最大的清真寺，可供5千人同时礼拜。还有许多经文学校，40％的穆斯林儿童接受伊斯兰教育。德班的韦斯特维尔大学设有伊斯兰教与阿拉伯语研究系。阿拉伯文、英文版《古兰经》随处供应。国内主要的伊斯兰教刊物有《穆斯林文摘》、《穆斯林新闻》、《伊斯兰之声》。世界性的伊斯兰教刊物，如卡拉奇的《穆斯林世界周刊》、伦敦的《国际冲击》、多伦多的《国际新月》也在此广为发行。

    每年约有2000人赴麦加朝勤，并有许多穆斯林青年在沙特、叙利亚、埃及、巴基斯坦、印度等地的伊斯兰高等学府留学。南非伊斯兰教理事会、南非穆斯林青年运动组织与伊斯兰世界联盟、世界伊斯兰大会均有直接联系。